复杂网络系统能控性分析与优化是控制理论和控制工程领域的前沿科学难题，有重要的科学意义和学术价值。从原始图论、微分代数技术和几何方法演变过来的结构方法是解决复杂网络系统能控性分析与优化问题的可行途径，但系统结构信息不完备、多样化以及子系统动力学行为不宜忽略等综合复杂性对现有的基于结构方法的复杂网络系统能控性分析与优化理论提出了重要挑战。