国家自然科学基金面上项目，61972399，基于多源数据融合的药物响应和药物相关非编码RNA靶点预测研究，2020/01-2023/12，72万，在研，项目主持

国家自然科学基金面上项目，61772531，多视角识别长非编码RNA和人类复杂疾病关联预测研究，2018/01-2018/12，19.2万，结题，项目主持

国家自然科学基金青年基金，11301517，多视角识别人类复杂疾病相关microRNA的数学模型与方法研究，2014/01-2016/12，22万，结题，项目主持

江苏省第十四批“六大人才高峰”高层次人才项目，SWYY-089，长非编码RNA生物大数据处理和预测，2017/07-2020/06，4万，在研，项目主持

中国矿业大学越崎学者人才引进项目，基于非编码RNA的生物大数据研究及生物信息研究所平台建设，2016/06-2026/05，300万，在研，项目主持

国家自然科学基金重点项目，11931008，基于图与组合优化的生物数据和网络数据挖掘算法研究，2020/01-2024/12，270万，在研，项目骨干（排名第二，第二单位负责人）

国家自然科学基金重点项目，11631014，图理论和算法研究及其在生物信息学中的应用，2017/01-2021/12，230万，在研，项目骨干

江苏省“双创计划”团队项目，新型非晶合金的制备原理及其在能源环境领域的开发应用，2018/10-2021/10，500万，在研，项目核心成员

国家自然科学基金重大研究计划培育项目，91229127，非可控性炎症调控网络体内定量监视预测技术研究，2013/01-2015/12，110万，结题，项目骨干

国家自然科学基金专项基金项目数学天元基金，11326042，协同药物研发中的关键数学问题，2013/10-2014/09，20万，结题，项目骨干

广东省移动互联网应用中间件工程技术研究中心开放课题，基于机器学习和复杂网络方法的药物靶点相互作用预测研究，2018/12-2019/11,5万，结题，项目主持

广东省移动互联网应用中间件工程技术研究中心开放课题，疾病相关miRNA预测研究，2017/12-2018/11,5万，结题，项目主持

深圳大学深圳移动互联网应用中间件技术工程实验室开放课题，基于智能算法的长非编码RNA与疾病关联类型预测研究，2019/06-2020/06，5万，结题，项目主持

深圳大学大数据系统计算技术国家工程实验室开放课题，SZU-BDSC-XY-2018-01，基于智能算法的lncRNA功能预测研究，2018/04-2020/03，5万，结题，项目主持

深圳大学深圳移动互联网应用中间件技术工程实验室开放课题，基于生物大数据的人类复杂疾病相关微生物预测研究，2020/12-2022/12，2.9万，在研，项目主持

中国矿业大学重大项目培育专项，深度学习方法在大数据分析预测上的应用研究，2020/08-2023/07，50万，在研，项目主持

中国矿业大学重大项目培育专项，基于生物医学信息的非编码RNA药物靶点数据分析与智能预测方法研究，2019/08-2022/07，30万，在研，项目主持

中国矿业大学优秀学者专项，人工智能方法在大数据分析预测上的应用研究，2020/08-2020/12，20万，结题，项目主持

中国矿业大学学科前沿科学研究专项面上项目，基于计算智能算法的药物靶点预测研究，2017/01-2019/12，20万，结题，项目主持

 中国矿业大学2018年在线课程建设项目，大数据时代的人工智能算法及其应用，2018/07-2020/07，2万，结题，项目主持

中国科学院国家数学与交叉科学中心数学与生物医学交叉研究部重大专项，重大慢性多发疾病的动态网络系统构建，2012/07-2016/05，参加

中国科学院知识创新工程重要方向项目，生物分子网络中的模型与算法，2008/01-2012/12，结题，参加